Hakkımızda

AMAÇ

Bu eğitimin amacı, katılımcılara mikrobiyom araştırmalarında kullanılan güncel teorik yaklaşımları ve uygulamalı biyoinformatik analiz adımlarını bütüncül bir çerçevede kazandırmaktır. Üç gün sürecek program kapsamında, yeni nesil dizileme (NGS) verilerinin kalite kontrolünden başlayarak 16S rRNA temelli taksonomik analizler, çeşitlilik ölçümleri ve karşılaştırmalı istatistiksel değerlendirmeler uygulamalı olarak öğretilecek; ayrıca metagenomik ve entegre multi-omik yaklaşımların mikrobiyom çalışmalarındaki yeri ve translasyonel potansiyeli ele alınacaktır. Katılımcıların gerçek veri setleri üzerinde küçük gruplar halinde çalışarak analiz süreçlerini uçtan uca deneyimlemeleri, sonuçları biyolojik bağlamda yorumlamaları ve proje sunumu formatında aktarmaları hedeflenmektedir.

KAPSAM

Bu etkinlik, mikrobiyom araştırmalarında temel kavramsal çerçeveden ileri düzey veri entegrasyonuna kadar uzanan kapsamlı bir içerik sunmaktadır. Program; mikrobiyal ekosistemlerin yapısı ve dinamiklerinin anlaşılması, çevresel ve konak-ilişkili mikrobiyom çalışmalarındaki güncel yaklaşımlar, yeni nesil dizileme verilerinde kalite kontrol ve ön işleme adımları ile 16S rRNA temelli taksonomik ve çeşitlilik analizlerini kapsamaktadır. Bunun yanı sıra metagenomik analizlere giriş, sistem biyolojisi perspektifi ve multi-omik veri entegrasyonu gibi ileri düzey konular ele alınarak mikrobiyom verilerinin biyolojik ve translasyonel bağlamda yorumlanması hedeflenmektedir. Teorik dersler, uygulamalı bilgisayar oturumları ve grup temelli proje çalışmaları ile desteklenen etkinlik, katılımcıların farklı ekosistemlere ait gerçek veri setleri üzerinde analiz yapmalarını ve sonuçlarını bilimsel sunum formatında paylaşmalarını içermektedir.

Düzenleme Kurulu

Muzaffer Arıkan
Muzaffer Arıkan

Dr. Öğr. Üyesi

İstanbul Üniversitesi

Muzaffer Arıkan; İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik lisans, Aziz Sancar Deneysel Tıp Enstitüsü Genetik yüksek lisans ve İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik doktora derecelerine sahiptir. Doktora sonrası SABITA’da görev almış, nörodejeneratif hastalıklar ve insan mikrobiyomu üzerine çalışmıştır. EMBL-EBI (İngiltere) ve BAM (Almanya) kurumlarında misafir bilim insanı olarak mikrobiyom, metagenomik ve multi-omik çalışmalar yürütmüştür. Halen İstanbul Üniversitesi Biyoloji Bölümü Biyoteknoloji Anabilim Dalı’nda Dr. Öğr. Üyesi olarak, mikrobiyal toplulukların meta-omik analizleri üzerine araştırmalarını sürdürmektedir.

İlker Karacan
İlker Karacan

Dr. Öğr. Üyesi

İstanbul Üniversitesi - Cerrahpaşa

İlker Karacan; İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik lisans, İstanbul Üniversitesi Aziz Sancar Deneysel Tıp Enstitüsü Genetik yüksek lisans ve İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji doktora derecelerine sahiptir. Halen İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Nörolojik Bilimler Enstitüsü, Nörogenetik Anabilim Dalı’nda Dr. Öğr. Üyesi olarak görev yapmakta; çalışma alanları tıbbi biyoloji, biyoinformatik ve genomik ekseninde, özellikle hastalık genlerinin belirlenmesi ve genomik veri analizi üzerine yoğunlaşmaktadır.

Kazım Yalçın Arga
Kazım Yalçın Arga

Prof. Dr.

Marmara Üniversitesi

Kazım Yalçın Arga; Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği bölümünden lisans ve doktora derecelerini almıştır. Halen Marmara Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü’nde Prof. Dr. olarak görev yapmakta; araştırmalarını sistem biyolojisi, biyoinformatik ve biyomühendislik ekseninde sürdürmektedir. Çalışmaları, biyolojik sistemlerin hesaplamalı modellenmesi ve çoklu omik verilerin analizi gibi alanlarda yoğunlaşmaktadır.

Bilim Kurulu

Muzaffer Arıkan (Yürütücü)
Muzaffer Arıkan (Yürütücü)

Dr. Öğr. Üyesi

İstanbul Üniversitesi

Muzaffer Arıkan; İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik lisans, Aziz Sancar Deneysel Tıp Enstitüsü Genetik yüksek lisans ve İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik doktora derecelerine sahiptir. Doktora sonrası SABITA’da görev almış, nörodejeneratif hastalıklar ve insan mikrobiyomu üzerine çalışmıştır. EMBL-EBI (İngiltere) ve BAM (Almanya) kurumlarında misafir bilim insanı olarak mikrobiyom, metagenomik ve multi-omik çalışmalar yürütmüştür. Halen İstanbul Üniversitesi Biyoloji Bölümü Biyoteknoloji Anabilim Dalı’nda Dr. Öğr. Üyesi olarak, mikrobiyal toplulukların meta-omik analizleri üzerine araştırmalarını sürdürmektedir.

İlker Karacan (Eğitici)
İlker Karacan (Eğitici)

Dr. Öğr. Üyesi

İstanbul Üniversitesi - Cerrahpaşa

İlker Karacan; lisans eğitimini İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde, yüksek lisansını Aziz Sancar Deneysel Tıp Enstitüsü Genetik Anabilim Dalı’nda, doktora eğitimini ise İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji programında tamamlamıştır. Halen İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Nörolojik Bilimler Enstitüsü Nörogenetik Anabilim Dalı’nda Dr. Öğr. Üyesi olarak görev yapmakta; çalışmalarını tıbbi biyoloji, biyoinformatik, mikrobiyom ve genomik alanlarında sürdürmektedir.

Kazım Yalçın Arga (Eğitici)
Kazım Yalçın Arga (Eğitici)

Prof. Dr.

Marmara Üniversitesi

Kazım Yalçın Arga; lisans ve doktora derecelerini Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nden almıştır. Halen Marmara Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü’nde Prof. Dr. olarak görev yapmakta; araştırmalarını sistem biyolojisi, biyoinformatik ve biyomühendislik alanlarında sürdürmektedir. Çalışmaları özellikle biyolojik sistemlerin hesaplamalı modellenmesi ve çoklu omik verilerin bütüncül analizi üzerine yoğunlaşmaktadır.

Bahtiyar Yılmaz (Eğitici)
Bahtiyar Yılmaz (Eğitici)

Prof. Dr.

University of Bern

Bahtiyar Yılmaz; lisans ve yüksek lisans eğitimini İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde tamamlamış, doktora derecesini Portekiz’in Oeiras kentindeki Instituto Gulbenkian de Ciencia’dan İmmünoloji alanında almıştır. Halen İsviçre’de University of Bern’de grup lideri olarak görev yapmakta; araştırmalarını bağırsak mikrobiyotası ve enflamasyon arasındaki etkileşimler üzerine yoğunlaştırmaktadır.

Ezgi Özkurt (Eğitici)
Ezgi Özkurt (Eğitici)

Dr.

Quadram Institute

Ezgi Özkurt; lisans eğitimini Orta Doğu Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde, yüksek lisansını aynı üniversitenin Biyoloji Bölümü’nde tamamlamıştır. Doktora derecesini Almanya’daki Max Planck Institute for Evolutionary Biology’den almıştır. Halen İngiltere’de Quadram Institute’da kıdemli araştırmacı olarak çalışmalarını sürdürmektedir. Dr. Özkurt; mikrobiyom veri analizi, istatistiksel modelleme ve yüksek boyutlu dizileme verilerinin biyoinformatik değerlendirilmesi konularında uzmanlaşmış olup, araştırmaları mikrobiyomların dikey aktarımı ve mikrobiyom oluşum mekanizmaları üzerine odaklanmaktadır.

Ali May (Eğitici)
Ali May (Eğitici)

Dr.

dsm-firmenich

Ali May; lisans eğitimini Sabancı Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde tamamlamış, yüksek lisans ve doktora derecelerini Vrije Universiteit Amsterdam’da almıştır. Doktora çalışmalarından itibaren mikrobiyom araştırmaları üzerine uzmanlaşmış olup, özellikle mikrobiyom verilerinin translasyonel ve uygulamalı alanlara aktarılmasına odaklanmaktadır. Klinik, biyoteknolojik ve ticari uygulamalar bağlamında mikrobiyom verilerinin değerlendirilmesi konusunda deneyim sahibidir. Halen dsm-firmenich bünyesinde kıdemli araştırmacı ve ekip lideri olarak görev yapmaktadır.

Erdal Fırat Çaralan (Eğitici)
Erdal Fırat Çaralan (Eğitici)

MSc.

Medipol Üniversitesi

Erdal Fırat Çaralan; lisans eğitimini İstanbul Üniversitesi Biyoloji Bölümü’nde, yüksek lisans eğitimini ise İstanbul Medipol Üniversitesi’nde tamamlamıştır. Halen İstanbul Medipol Üniversitesi Rejeneratif ve Restoratif Tıp Araştırmaları Merkezi’nde çalışmalarını sürdürmektedir. Akademik ve özel sektör deneyimine sahip olan Çaralan, yeni nesil dizileme teknolojilerinin ıslak laboratuvar uygulamaları ve veri analizi alanlarında 15 yılı aşkın tecrübeye sahiptir.

Destek Personeli

İrem Kocakahya
İrem Kocakahya

Yardımcı Personel

İstanbul Üniversitesi

Özlem Sağıroğlu
Özlem Sağıroğlu

Yardımcı Personel

İstanbul Üniversitesi